Hồ sơ, chứng từ điện tử trong giao dịch thuế điện tử

Ngày 30/06/2026, Bộ trưởng Tài chính ban hành Thông tư 89/2026/TT-BTC hướng dẫn Luật Quản lý thuế và Nghị định 252/2026/NĐ-CP hướng dẫn Luật Quản lý thuế, trong đó quy định cụ thể về Hồ sơ, chứng từ điện tử trong giao dịch thuế điện tử.

Hồ sơ, chứng từ điện tử trong giao dịch thuế điện tử

Căn cứ Khoản 1 Điều 9 Thông tư 89/2026/TT-BTC, hồ sơ, chứng từ điện tử trong giao dịch thuế điện tử bao gồm:

- Hồ sơ thuế điện tử gồm các loại hồ sơ thuế quy định tại khoản 9 Điều 4 Luật Quản lý thuế được tạo lập, được gửi, được nhận, được lưu trữ bằng phương thức điện tử;

- Chứng từ nộp ngân sách nhà nước điện tử là chứng từ nộp ngân sách nhà nước theo quy định tại Nghị định 347/2025/NĐ-CP về thủ tục hành chính thuộc lĩnh vực Kho bạc Nhà nước và các văn bản hướng dẫn thi hành được tạo lập, được gửi, được nhận, được lưu trữ bằng phương thức điện tử;

- Văn bản, thông báo, quyết định hành chính thuế và các văn bản, thông báo, quyết định khác của cơ quan thuế được lập, được gửi, được nhận, được lưu trữ bằng phương thức điện tử.

Các hồ sơ, chứng từ điện tử quy định tại khoản 1 Điều 9 Thông tư 89/2026/TT-BTC phải được xác nhận điện tử theo quy định tại Điều 10 Thông tư 89/2026/TT-BTC. Trường hợp thành phần của hồ sơ thuế, chứng từ nộp ngân sách nhà nước có các tài liệu kèm theo là văn bản giấy phải được chuyển đổi sang dạng điện tử theo quy định của pháp luật về giao dịch điện tử, trừ tài liệu, thông tin thuộc phạm vi bí mật nhà nước hoặc trường hợp pháp luật có quy định không thực hiện bằng phương tiện điện tử thì việc nộp, gửi, tiếp nhận các tài liệu này được thực hiện theo quy định của pháp luật có liên quan.

Căn cứ Khoản 2 Điều 9 Thông tư 89/2026/TT-BTC, thời hạn và hình thức lưu trữ hồ sơ, chứng từ điện tử được quy định như sau:

- Thời hạn lưu trữ đối với hồ sơ, chứng từ điện tử trong giao dịch thuế điện tử được thực hiện theo quy định của pháp luật về lưu trữ và quy định khác của pháp luật có liên quan. Trường hợp hồ sơ, chứng từ điện tử hết thời hạn lưu trữ theo quy định nhưng có liên quan đến tính toàn vẹn về thông tin của hệ thống và các hồ sơ, chứng từ điện tử đang lưu hành thì phải tiếp tục được lưu trữ cho đến khi việc hủy hồ sơ, chứng từ điện tử hoàn toàn không ảnh hưởng đến các giao dịch điện tử khác;

- Hình thức lưu trữ hồ sơ, chứng từ điện tử thực hiện theo quy định của pháp luật về giao dịch điện tử;

- Việc lưu trữ hồ sơ, chứng từ điện tử có giá trị như lưu trữ văn bản giấy.

Xác nhận điện tử trên hồ sơ, chứng từ trong giao dịch thuế điện tử

Căn cứ Điều 10 Thông tư 89/2026/TT-BTCquy định về việc xác nhận điện tử trên hồ sơ, chứng từ trong giao dịch thuế điện tử như sau:

- Việc xác nhận người ký trên các hồ sơ, chứng từ điện tử trong giao dịch thuế điện tử được thực hiện theo một trong các hình thức sau:

+ Xác nhận bằng chữ ký điện tử: Chữ ký điện tử bao gồm chữ ký số công cộng, chữ ký số chuyên dùng công vụ theo quy định của pháp luật về giao dịch điện tử;

+ Xác nhận bằng mã xác thực giao dịch điện tử, xác nhận bằng sinh trắc học và xác nhận bằng các phương tiện điện tử khác: Người nộp thuế thực hiện đăng ký sử dụng, thay đổi chữ ký điện tử và các hình thức xác nhận điện tử khác theo hướng dẫn của chủ quản hệ thống thông tin để thực hiện giao dịch thuế điện tử.

- Sử dụng chữ ký điện tử và các hình thức xác nhận điện tử khác đối với người nộp thuế khi giao dịch thuế điện tử với cơ quan thuế:

+ Người nộp thuế sử dụng chữ ký điện tử đã đăng ký để xác nhận trên các hồ sơ, chứng từ điện tử gửi cho cơ quan thuế, trừ trường hợp được sử dụng các hình thức xác nhận điện tử khác tại điểm b khoản 1 Điều 10 Thông tư 89/2026/TT-BTC theo hướng dẫn của chủ quản hệ thống thông tin nhưng phải đảm bảo tuân thủ quy định của pháp luật về giao dịch điện tử và các pháp luật khác có liên quan;

+ Đại lý thuế, hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh dịch vụ làm thủ tục về thuế (sau đây gọi chung tổ chức, cá nhân cung cấp dịch vụ làm thủ tục về thuế) ký hợp đồng dịch vụ làm thủ tục về thuế với người nộp thuế thì tổ chức, cá nhân cung cấp dịch vụ làm thủ tục về thuế sử dụng chữ ký điện tử của mình để ký trên các hồ sơ, chứng từ điện tử của người nộp thuế;

+ Người nộp thuế là tổ chức, cá nhân khai thuế thay, nộp thuế thay cho tổ chức, cá nhân khác thì tổ chức, cá nhân khai thuế thay, nộp thuế thay sử dụng chữ ký điện tử của tổ chức, cá nhân khai thuế thay, nộp thuế thay để ký trên các hồ sơ, chứng từ điện tử.

- Sử dụng chữ ký điện tử đối với cơ quan thuế khi giao dịch thuế điện tử với người nộp thuế:

+ Cơ quan thuế phải ký điện tử trên các hồ sơ, chứng từ điện tử trước khi gửi cho người nộp thuế;

+ Chữ ký điện tử của cơ quan thuế trên các hồ sơ, chứng từ điện tử gửi cho người nộp thuế là chữ ký số của công chức thuế kèm theo chữ ký số của cơ quan thuế hoặc là chữ ký số của cơ quan thuế. Chữ ký số của công chức thuế, cơ quan thuế được thực hiện theo quy định của pháp luật về chữ ký số chuyên dùng công vụ;

+ Cục Thuế xây dựng hệ thống ký điện tử để quản lý chữ ký số đã cấp cho công chức thuế và quy trình ký điện tử trên các hồ sơ, chứng từ điện tử đảm bảo an toàn, bảo mật, đúng quy định.

- Tổ chức cung cấp dịch vụ T-VAN, tổ chức cung ứng dịch vụ thanh toán, tổ chức cung ứng dịch vụ trung gian thanh toán và các cơ quan nhà nước khác khi thực hiện giao dịch thuế điện tử theo quy định tại Thông tư này phải sử dụng chữ ký số công cộng, chữ ký số chuyên dùng công vụ theo quy định của pháp luật về giao dịch điện tử.

Xem chi tiết tại Thông tư 89/2026/TT-BTC có hiệu lực từ 01/07/2026.

Nguyễn Ngọc Tố Uyên