Kiểm tra thuế tại trụ sở cơ quan thuế như thế nào?

Kiểm tra thuế tại trụ sở cơ quan thuế được quy định thế nào? 

Điều 87 Thông tư 89/2026 quy định kiểm tra thuế tại trụ sở cơ quan thuế như sau:

1. Nguyên tắc kiểm tra thuế thực hiện theo quy định tại khoản 1 Điều 22 Luật Quản lý thuế.

2. Người nộp thuế có hồ sơ thuế được phân loại rủi ro cao thuộc trường hợp kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế, trừ trường hợp kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế quy định tại điểm a khoản 3 Điều 22 Luật Quản lý thuế. Cơ quan thuế ứng dụng công nghệ thông tin để phân loại hồ sơ thuế và lập danh sách người nộp thuế có hồ sơ thuế rủi ro cao để kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế và thực hiện theo quy định tại khoản 3 Điều này.

3. Kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế:

a) Cơ quan thuế thực hiện rà soát, đối chiếu, so sánh, phân tích hồ sơ thuế có rủi ro cao về thuế với cơ sở dữ liệu của cơ quan thuế, quy định pháp luật về thuế mà có dấu hiệu khai sai, không chính xác cần làm rõ liên quan đến số tiền thuế phải nộp, số tiền thuế được miễn, số tiền thuế được giảm, số tiền thuế được hoàn, số tiền thuế còn được khấu trừ chuyển kỳ sau thì cơ quan thuế ban hành thông báo (lần 1) theo mẫu số 01/KTT Phụ lục IV ban hành kèm theo Thông tư này về việc yêu cầu người nộp thuế giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu.

Trong thời hạn 10 ngày làm việc kể từ ngày cơ quan thuế ban hành thông báo về việc giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu, người nộp thuế phải giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu. Việc giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu có thể được thực hiện trực tiếp tại cơ quan thuế hoặc theo phương thức làm việc trực tuyến, giao dịch điện tử hoặc gửi văn bản giải trình qua dịch vụ bưu chính;

b) Trường hợp người nộp thuế đã giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu nhưng chưa đủ căn cứ chứng minh nội dung khai thuế là chính xác hoặc có những nội dung cần làm rõ thêm thì cơ quan thuế ban hành thông báo lần 2 theo mẫu số 02/KTT Phụ lục IV ban hành kèm theo Thông tư này về việc người nộp thuế có thể tiếp tục giải trình, bổ sung thêm thông tin, tài liệu. Thời hạn giải trình, cung cấp thêm tài liệu hoặc khai bổ sung hồ sơ khai thuế là 10 ngày làm việc kể từ ngày cơ quan thuế ban hành thông báo lần 2. Cơ quan thuế thông báo người nộp thuế giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu không quá 02 lần đối với mỗi hồ sơ khai thuế được kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế;

c) Trường hợp người nộp thuế đã giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu (lần 1 hoặc lần 2) mà chứng minh số tiền thuế đã khai là đúng thì hồ sơ thuế được chấp nhận; hồ sơ giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu được lưu cùng hồ sơ thuế;

d) Trường hợp người nộp thuế khai bổ sung hồ sơ thuế trước khi giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu (lần 1 hoặc lần 2) mà chứng minh số tiền thuế đã khai là đúng thì hồ sơ thuế được chấp nhận; Tờ khai bổ sung, hồ sơ giải trình, bổ sung thông tin được lưu cùng hồ sơ thuế;

đ) Hết thời hạn theo thông báo lần 2 của cơ quan thuế mà người nộp thuế không giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu hoặc không khai bổ sung hồ sơ thuế hoặc giải trình, khai bổ sung hồ sơ thuế nhưng không chứng minh được số thuế đã khai là đúng thì cơ quan thuế ấn định số thuế phải nộp nếu có đủ căn cứ ấn định; trong trường hợp không đủ căn cứ ấn định số thuế phải nộp, cơ quan thuế ban hành quyết định kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế hoặc làm cơ sở để xây dựng kế hoạch kiểm tra theo nguyên tắc quản lý rủi ro;

e) Kết thúc việc rà soát nội dung giải trình, cơ quan thuế lập Biên bản làm việc theo mẫu số 03/KTT Phụ lục IV ban hành kèm theo Thông tư này;

g) Trường hợp qua rà soát, đối chiếu, so sánh, phân tích hồ sơ thuế có rủi ro cao với cơ sở dữ liệu của cơ quan thuế, quy định pháp luật về thuế và thông tin, tài liệu giải trình (lần 1, lần 2) của người nộp thuế mà có đủ cơ sở xác định hành vi vi phạm, nội dung vi phạm, số tiền dự kiến truy thu và xử lý vi phạm thì cơ quan thuế ban hành Quyết định kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế theo mẫu số 04/KTT Phụ lục IV ban hành kèm theo Thông tư này. Trường hợp cần bổ sung thêm thông tin, tài liệu làm căn cứ xử lý vi phạm, cơ quan thuế yêu cầu người nộp thuế giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu liên quan đến nội dung, phạm vi kiểm tra đã xác định có rủi ro vi phạm nêu trên.

Trình tự, thủ tục kiểm tra theo Quyết định kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế thực hiện theo khoản 7 Điều 88 Thông tư này. Thời hạn kiểm tra không quá 10 ngày làm việc. Kết thúc kiểm tra thuế tại trụ sở cơ quan thuế, Đoàn kiểm tra và người nộp thuế ký Biên bản kiểm tra theo mẫu số 05/KTT Phụ lục IV ban hành kèm theo Thông tư này.