Thủ tục công nhận doanh nghiệp quá cảnh được ưu tiên [Cập nhật mới nhất]

Thủ tục công nhận doanh nghiệp quá cảnh được ưu tiên [Cập nhật mới nhất]

Ngày 06/5/2026, Bộ Tài chính ban hành Quyết định 1075/QĐ-BTC về việc công bố thủ tục hành chính được sửa đổi, bổ sung, bị bãi bỏ trong lĩnh vực hải quan thuộc phạm vi chức năng quản lý nhà nước của Bộ Tài chính.

Tại đây, Bộ Tài chính đã cập nhật mới nội dung hướng dẫn thực hiện thủ tục công nhận doanh nghiệp quá cảnh được ưu tiên, cụ thể như sau:

[1] Trình tự thực hiện:

Bước 1: Doanh nghiệp gửi hồ sơ đến Cục Hải quan để được xem xét áp dụng chế độ ưu tiên (hồ sơ bao gồm: Văn bản đề nghị theo mẫu do Bộ Tài chính ban hành; Báo cáo tài chính đã được kiểm toán trong 02 năm tài chính liên tục, gầnn nhất; Báo cáo kiểm toán trong 02 năm tài chính liên tục, gần nhất; Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp (trường hợp doanh nghiệp Việt Nam), giấy phép thành lập (đổi với chi nhánh, văn phòng đại diện của doanh nghiệp nước ngoài)).

Bước 2: Cục Hải quan thẩm định điều kiện để áp dụng chế độ ưu tiên bao gồm:

- Thẩm định hồ sơ:

Kiểm tra hồ sơ công nhận doanh nghiệp quá cảnh được ưu tiên để đảm bảo tính đầy đủ, hợp pháp, hợp lệ của hồ sơ do doanh nghiệp nộp; đối chiếu thông tin, kiểm tra niêm phong đặc biệt (đối với trường hợp doanh nghiệp sử dụng niêm phong đặc biệt) do doanh nghiệp cung cấp, thông tin thu thập được với điều kiện áp dụng chế độ ưu tiên quy định tại Điều 32 Nghị định 46/2020/NĐ-СР.

Trường hợp doanh nghiệp không đáp ứng các điều kiện để được áp dụng chế độ ưu tiên theo quy định, trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ ngày nhận đủ hồ sơ đề nghị, Cục Hải quan có văn bản trả lời doanh nghiệp, nêu rõ lý do không đáp ứng.

Trường hợp doanh nghiệp đáp ứng các điều kiện áp dụng chế độ ưu tiên theo quy định, trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ ngày nhận đủ hồ sơ đề nghị, Cục Hải quan có văn bản thông báo về kế hoạch kiểm tra thực tế cho doanh nghiệp. Cục Hải quan thực hiện kiểm tra thực tế tại doanh nghiệp sau 10 ngày làm việc kể từ ngày gửi văn bản thông báo cho doanh nghiệp.

+ Kiểm tra thực tế tại doanh nghiệp: kiểm tra hồ sơ, chứng từ, tài liệu liên quan đến hoạt động quá cảnh mà doanh nghiệp đã thực hiện trong thời hạn 05 năm gần nhất để đánh giá việc đáp ứng của doanh nghiệp đối với các điều kiện quy định tại Điều 32 Nghị định 46/2020/NĐ-СР.

Thời gian kiểm tra thực tế tại doanh nghiệp tối đa 03 ngày làm việc tính từ thời điểm doanh nghiệp cung cấp đủ hồ sơ, chứng từ, tài liệu theo yêu cầu của cơ quan hải quan. Kết thúc kiểm tra thực tế, phải có Biên bản báo cáo kết quả kiểm tra hồ sơ, kết quả kiểm tra thực tế có xác nhận của cơ quan hải quan và của doanh nghiệp, lưu vào hồ sơ công nhận doanh nghiệp quá cảnh được ưu tiên.

Bước 3: Căn cứ Biên bản báo cáo kết quả kiểm tra thực tế tại doanh nghiệp, dữ liệu của ngành hải quan, các thông tin thu thập và kết quả xác minh thông tin bổ sung (nếu có), trường hợp doanh nghiệp đáp ứng các điểu kiện áp dụng chế độ ưu tiên, Cục trưởng Cục Hải quan ký quyết định công nhận doanh nghiệp quá cảnh được ưu tiên theo mẫu do Bộ Tài chính ban hành.

Thời hạn ban hành quyết định công nhận doanh nghiệp quá cảnh được ưu tiên được thực hiện trong vòng 90 (chín mươi) ngày kể từ ngày nhận được hồ sơ để nghị công nhận doanh nghiệp quá cảnh được ưu tiên quy định tại khoản 1 Điều 34 Nghị định 46/2020/NĐ-СР.

Trường hợp doanh nghiệp không đáp ứng các điều kiện áp dụng chế độ ưu tiên, trong thời hạn 03 (ba) làm việc kể từ ngày kết thúc kiểm tra tại doanh nghiệp, Cục Hải quan có văn bản trả lời doanh nghiệp, nêu rõ lý do không đáp ứng.

[2] Cách thức thực hiện: Trực tuyến; trường hợp Hệ thống cung cấp dịch vụ công trực tuyến chưa đáp ứng yêu cầu tiếp nhận hồ sơ điện tử thì gửi hồ sơ theo phương thức trực tiếp hoặc qua dịch vụ bưu chính.

[3] Thành phần hồ sơ:

- Văn bản đề nghị theo mẫu do Bộ Tài chính ban hành;

- Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp (trường hợp doanh nghiệp Việt Nam), giấy phép thành lập (đối với chi nhánh, văn phòng đại diện của doanh nghiệp nước ngoài);

(Trường hợp khai thác được thông tin trong Cơ sở dữ liệu quốc gia về đăng ký doanh nghiệp: Tổ chức, cá nhân, doanh nghiệp không phải nộp Bản sao Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp).

- Báo cáo tài chính đã được kiểm toán trong 02 năm tài chính liên tục, gần nhất;

- Báo cáo kiểm toán trong 02 năm tài chính liên tục, gần nhất.

Thủ tục công nhận doanh nghiệp quá cảnh được ưu tiên mới nhất năm 2026 (Hình từ Internet)

[4] Thời hạn giải quyết: Thời hạn ban hành quyết định công nhận doanh nghiệp quá cảnh được ưu tiên được thực hiện trong vòng 90 (chín mươi) ngày kể từ ngày nhận được hỗ sơ đề nghị công nhận doanh nghiệp quá cảnh được ưu tiên.

[5] Đối tượng thực hiện thủ tục hành chính: Doanh nghiệp thực hiện thủ tục quá cảnh hàng hóa thông qua Hệ thống ACTS.

[6] Cơ quan giải quyết thủ tục hành chính: Cục Hải quan.

[7] Phí, lệ phí: không có.

[8] Yêu cầu, điều kiện thực hiện thủ tục hành chính:

Doanh nghiệp quá cảnh đề nghị được áp dụng chế độ ưu tiên phải đáp ứng đủ các điều kiện sau:

- Điều kiện về trụ sở của doanh nghiệp:

Doanh nghiệp quá cảnh là doanh nghiệp Việt Nam có trụ sở tại Việt Nam hoặc chi nhánh, văn phòng đại diện của doanh nghiệp quá cảnh nước ngoài được cơ quan có thẩm quyền của Việt Nam cấp giấy phép thành lập và có trụ sở tại Việt Nam.

- Điều kiện về mức độ sử dụng thủ tục quá cảnh thông qua Hệ thống ACTS:

Doanh nghiệp thực hiện thủ tục quá cảnh hàng hóa thông qua Hệ thống ACTS phải đảm bảo lượng tờ khai quá cảnh hải quan thông qua Hệ thống ACTS tối thiểu bằng 60% (sáu mươi phần trăm) tổng số tờ khai quá cảnh qua các nước ASEAN mà doanh nghiệp thực hiện trong 01 năm tính đến thời điểm doanh nghiệp đề nghị công nhận doanh nghiệp quá cảnh được ưu tiên;

- Điều kiện về chấp hành tốt pháp luật kiểm toán:

Báo cáo tài chính hàng năm phải được kiểm toán bởi công ty kiểm toán đủ điều kiện kinh doanh dịch vụ kiểm toán theo quy định của pháp luật về kiểm toán độc lập. Ý kiến kiểm toán về báo cáo tài chính nêu trong báo cáo kiểm toán phải là ý kiến chấp nhận toàn phần theo chuẩn mực kiểm toán Việt Nam.

- Điều kiện về lưu giữ hồ sơ hải quan, sổ sách, chứng từ kế toán và các chứng từ khác liên quan đến hàng hóa quá cảnh:

Hồ sơ hải quan, sổ sách, chứng từ kế toán và các chứng từ khác liên quan đến hàng hóa quá cảnh phải được doanh nghiệp lưu giữ theo quy định của pháp luật về hải quan.

- Điều kiện tuân thủ pháp luật về hải quan, pháp luật về thuế:

+ Tính đến thời điểm doanh nghiệp nộp hồ sơ đề nghị công nhận doanh nghiệp quá cảnh được ưu tiên, doanh nghiệp không nợ quá hạn tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt.

+ Trong thời hạn 05 (năm) năm liên tục tính đến thời điểm doanh nghiệp nộp hồ sơ đề nghị công nhận doanh nghiệp quá cảnh được ưu tiên, doanh nghiệp không vi phạm các quy định của pháp luật về thuế, hải quan tới mức bị xử lý vi phạm về các hành vi:

++ Trốn thuế, gian lận thuế và vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới;

++ Hành vi vi phạm hành chính trong lĩnh vực hải quan có hình thức, mức xử vượt thẩm quyền của Trưởng Hải quan cửa khẩu/ngoài cửa khẩu và chức danh tương đương.

Xem chi tiết thủ tục công nhận doanh nghiệp quá cảnh được ưu tiên tại Quyết định 1075/QĐ-BTC ngày 06/5/2026.