Hướng dẫn cách thức khai bổ sung hồ sơ khai thuế theo Thông tư 89/2026/TT-BTC

Hướng dẫn cách thức khai bổ sung hồ sơ khai thuế theo Thông tư 89/2026/TT-BTC (Hình minh họa)

Hướng dẫn cách thức khai bổ sung hồ sơ khai thuế theo Thông tư 89/2026/TT-BTC

Ngày 30/6/2026, Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành Thông tư 89/2026/TT-BTC quy định chi tiết một số điều của Luật Quản lý thuế và Nghị định 252/2026/NĐ-CP quy định chi tiết một số điều và biện pháp để tổ chức, hướng dẫn thi hành Luật Quản lý thuế. 

Theo Phụ lục II ban hành kèm theo Thông tư 89/2026/TT-BTC, người nộp thuế thực hiện khai bổ sung hồ sơ khai thuế theo quy định tại Điều 12 Nghị định 252/2026/NĐ-CP và các quy định sau:

1. Trường hợp người nộp thuế chưa nộp hồ sơ khai quyết toán thuế thì người nộp thuế khai bổ sung hồ sơ khai thuế của tháng, quý có sai, sót, đồng thời tổng hợp số liệu khai bổ sung vào hồ sơ khai quyết toán thuế; trường hợp đã nộp hồ sơ khai quyết toán thuế thì chỉ khai bổ sung hồ sơ khai quyết toán thuế, trừ trường hợp quy định tại điểm 2 Phụ lục này. 

2. Trường hợp khai bổ sung hồ sơ quyết toán thuế thu nhập cá nhân đối với tổ chức, cá nhân trả thu nhập từ tiền lương, tiền công thì đồng thời phải khai bổ sung hồ sơ khai thuế của quý có sai, sót tương ứng, không phân biệt đã nộp hay chưa nộp hồ sơ khai quyết toán thuế.

3. Khai bổ sung hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng:

- Trường hợp người nộp thuế khai bổ sung hồ sơ khai thuế chỉ làm tăng số thuế giá trị gia tăng chưa khấu trừ hết chuyển kỳ sau của kỳ tính thuế có sai, sót (trừ trường hợp người nộp thuế phát hiện số thuế giá trị gia tăng đầu vào khi kê khai, khấu trừ bị sai, sót) thì lập hồ sơ khai bổ sung của kỳ tính thuế có sai, sót. Số tiền thuế giá trị gia tăng được khấu trừ điều chỉnh tăng của kỳ tính thuế có sai, sót khai vào chỉ tiêu “Điều chỉnh tăng số thuế giá trị gia tăng còn được khấu trừ của các kỳ trước” trên tờ khai thuế giá trị gia tăng của kỳ tính thuế phát hiện sai, sót;

- Trường hợp người nộp thuế khai bổ sung hồ sơ khai thuế làm giảm số thuế giá trị gia tăng chưa khấu trừ hết chuyển kỳ sau của kỳ tính thuế có sai, sót thì thực hiện như sau:

+ Trường hợp người nộp thuế chưa đề nghị hoàn thuế (trừ trường hợp người nộp thuế phát hiện số thuế giá trị gia tăng đầu vào khi kê khai, khấu trừ bị sai, sót) thì lập hồ sơ khai bổ sung hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế có sai, sót. Số tiền thuế giá trị gia tăng được khấu trừ điều chỉnh giảm của kỳ tính thuế có sai, sót khai vào chỉ tiêu “Điều chỉnh giảm số thuế giá trị gia tăng còn được khấu trừ của các kỳ trước” trên tờ khai thuế giá trị gia tăng của kỳ tính thuế phát hiện sai, sót;

+ Trường hợp người nộp thuế đã đề nghị hoàn thuế nhưng chưa được hoàn thuế và thuộc trường hợp hủy hồ sơ hoàn thuế theo quy định tại khoản 2 Điều 47 Thông tư này thì người nộp thuế gửi văn bản đề nghị hủy hồ sơ hoàn thuế đến cơ quan thuế và kê khai giảm chỉ tiêu đề nghị hoàn trên hồ sơ khai bổ sung hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế có sai, sót. Số tiền thuế giá trị giá tăng đã đề nghị hoàn điều chỉnh giảm của kỳ tính thuế có sai, sót nếu đáp ứng điều kiện khấu trừ theo quy định khai vào chỉ tiêu “Điều chỉnh tăng số thuế giá trị gia tăng còn được khấu trừ của các kỳ trước” trên tờ khai thuế giá trị gia tăng của kỳ tính thuế phát hiện sai, sót.

Trường hợp người nộp thuế đã được cơ quan thuế giải quyết hoàn thuế đối với hồ sơ thuộc diện hoàn trước thì người nộp thuế khai bổ sung giảm số tiền thuế đề nghị hoàn tại chỉ tiêu đề nghị hoàn, tăng số tiền thuế thu hồi hoàn tại tờ khai bổ sung của kỳ tính thuế có sai, sót và nộp số tiền thuế thu hồi hoàn vào ngân sách nhà nước và tiền chậm nộp theo quy định. Số tiền thuế giá trị gia tăng đã đề nghị hoàn điều chỉnh giảm của kỳ tính thuế có sai, sót nếu đáp ứng điều kiện khấu trừ theo quy định khai vào chỉ tiêu “Điều chỉnh tăng số thuế giá trị gia tăng còn được khấu trừ của các kỳ trước” trên tờ khai thuế giá trị gia tăng của kỳ tính thuế phát hiện sai, sót;

- Trường hợp người nộp thuế khai bổ sung hồ sơ khai thuế làm giảm số thuế giá trị gia tăng chưa khấu trừ hết chuyển kỳ sau đồng thời làm tăng số thuế giá trị gia tăng phải nộp của kỳ tính thuế có sai, sót thì lập hồ sơ khai bổ sung hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế có sai, sót, nộp số thuế giá trị gia tăng phải nộp tăng thêm và số tiền chậm nộp vào ngân sách nhà nước theo quy định. Số tiền thuế giá trị giá tăng chưa khấu trừ hết chuyển kỳ sau điều chỉnh giảm của kỳ tính thuế có sai, sót khai vào chỉ tiêu “Điều chỉnh giảm số thuế giá trị gia tăng còn được khấu trừ của các kỳ trước” trên tờ khai thuế giá trị gia tăng của kỳ tính thuế phát hiện sai, sót;

- Trường hợp người nộp thuế khai bổ sung hồ sơ khai thuế làm làm giảm số thuế giá trị gia tăng phải nộp đồng thời tăng số thuế giá trị gia tăng chưa khấu trừ hết chuyển kỳ sau của kỳ tính thuế có sai, sót thì lập hồ sơ khai bổ sung hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế có sai, sót. Đối với số tiền thuế giá trị gia tăng phải nộp điều chỉnh giảm, người nộp thuế được điều chỉnh giảm tiền chậm nộp (nếu có), nếu đã nộp ngân sách nhà nước thì được xử lý bù trừ hoặc hoàn thuế theo quy định. Đối với số tiền thuế giá trị gia tăng chưa khấu trừ hết chuyển kỳ sau điều chỉnh tăng của kỳ tính thuế có sai, sót khai vào chỉ tiêu “Điều chỉnh tăng số thuế giá trị gia tăng còn được khấu trừ của các kỳ trước” trên tờ khai thuế giá trị gia tăng của kỳ tính thuế phát hiện sai, sót;

- Trường hợp khai bổ sung làm ảnh hưởng đến nghĩa vụ thuế của cả tờ khai thuế mẫu số 01/GTGT và tờ khai thuế mẫu số 02/GTGT thì người nộp thuế thực hiện khai bổ sung như sau:

+ Người nộp thuế khai bổ sung làm giảm số thuế giá trị gia tăng phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh (chỉ tiêu [40a]) dẫn đến điều chỉnh giảm chỉ tiêu [40b] “Thuế giá trị gia tăng mua vào của dự án đầu tư được bù trừ với thuế giá trị gia tăng phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh cùng kỳ tính thuế” trên tờ khai mẫu số 01/GTGT thì phải khai bổ sung, điều chỉnh giảm chỉ tiêu [28a] “Thuế giá trị gia tăng mua vào của dự án đầu tư được bù trừ với thuế giá trị gia tăng phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh cùng kỳ tính thuế” hoặc chỉ tiêu [28b] “Thuế giá trị gia tăng mua vào của dự án đầu tư bù trừ với thuế giá trị gia tăng phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh cùng kỳ tính thuế của chủ đầu tư (trường hợp người nộp thuế được chủ đầu tư giao quản lý dự án đầu tư)” trên tờ khai mẫu số 02/GTGT của kỳ tính thuế tương ứng với kỳ tính thuế của tờ khai mẫu số 01/GTGT. Số tiền thuế giá trị gia tăng mua vào của dự án đầu tư được bù trừ điều chỉnh giảm trên tờ khai bổ sung mẫu số 02/GTGT được khai vào chỉ tiêu [25] “Điều chỉnh tăng số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa dịch vụ mua vào các kỳ trước” trên tờ khai mẫu số 02/GTGT của kỳ tính thuế phát hiện sai, sót;

+ Người nộp thuế khai bổ sung điều chỉnh giảm số thuế giá trị gia tăng đầu vào của dự án đầu tư dẫn đến giảm chỉ tiêu [28a] “Thuế giá trị gia tăng mua vào của dự án đầu tư được bù trừ với thuế giá trị gia tăng phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh cùng kỳ tính thuế” hoặc chỉ tiêu [28b] “Thuế giá trị gia tăng mua vào của dự án đầu tư bù trừ với thuế giá trị gia tăng phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh cùng kỳ tính thuế của chủ đầu tư (trường hợp người nộp thuế được chủ đầu tư giao quản lý dự án đầu tư)” và giảm chỉ tiêu [32] “Thuế giá trị gia tăng đầu vào của dự án đầu tư chưa được hoàn chuyển kỳ sau” trên tờ khai thuế mẫu số 02/GTGT của kỳ tính thuế có sai, sót thì số thuế giá trị gia tăng đầu vào của dự án đầu tư chưa được hoàn chuyển kỳ sau điều chỉnh giảm được khai vào chỉ tiêu [27] “Điều chỉnh giảm số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào các kỳ trước” trên tờ khai thuế mẫu số 02/GTGT của kỳ tính thuế phát hiện sai, sót, đồng thời người nộp thuế khai bổ sung điều chỉnh giảm chỉ tiêu [40b] “Thuế giá trị gia tăng mua vào của dự án đầu tư được bù trừ với thuế giá trị gia tăng phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh cùng kỳ tính thuế” trên tờ khai thuế mẫu số 01/GTGT của kỳ tính thuế tương ứng với kỳ tính thuế của tờ khai thuế mẫu số 02/GTGT có sai, sót. Người nộp thuế phải nộp số thuế giá trị gia tăng tăng thêm của tờ khai thuế mẫu số 01/GTGT và tính chậm nộp theo quy định;

+ Trường hợp người nộp thuế phát hiện tờ khai thuế mẫu số 02/GTGT có sai, sót sau khi dự án đầu tư đã hoàn thành làm tăng, giảm số thuế giá trị gia tăng đầu vào của dự án đầu tư kết chuyển sang tờ khai thuế mẫu số 01/GTGT thì không khai bổ sung tờ khai thuế mẫu số 02/GTGT. Số thuế giá trị gia tăng đầu vào của dự án đầu tư có sai, sót được kê khai vào chỉ tiêu “Điều chỉnh tăng số thuế giá trị gia tăng còn được khấu trừ của các kỳ trước” hoặc “Điều chỉnh giảm số thuế giá trị gia tăng còn được khấu trừ của các kỳ trước” trên tờ khai 01/GTGT của kỳ tính thuế phát hiện sai, sót;

- Trường hợp người nộp thuế được kế thừa số thuế giá trị gia tăng còn được khấu trừ từ đơn vị do chuyển đổi loại hình doanh nghiệp, chia, tách, sáp nhập, hợp nhất, chấm dứt hoạt động của đơn vị phụ thuộc thì căn cứ Thông báo chuyển nghĩa vụ thuế của cơ quan thuế, người nộp thuế không thực hiện khai bổ sung mà kê khai vào chỉ tiêu “Thuế giá trị gia tăng nhận bàn giao được khấu trừ trong kỳ” trên tờ khai thuế mẫu số 01/GTGT của kỳ tính thuế nhận được Thông báo chuyển nghĩa vụ thuế.